Wynagrodzenia pracowników B+R jako koszty kwalifikowane

ULGA B+R W 2026 R.

Wynagrodzenia pracowników B+R jako koszty kwalifikowane – urlopy, choroby i proporcja ogólnego czasu pracy w świetle najnowszego orzecznictwa NSA

Pracodawca prowadzący działalność badawczo-rozwojową może zaliczyć do kosztów kwalifikowanych ulgi B+R wynagrodzenie pracownika również za czas urlopu, choroby lub innej usprawiedliwionej nieobecności. Kwestia ta, choć od 2024 r. potwierdzona interpretacją ogólną Ministra Finansów i utrwaloną linią orzeczniczą NSA, wciąż budzi pytania praktyczne – zwłaszcza w kontekście sposobu ustalania proporcji ogólnego czasu pracy. Przełomowe znaczenie ma tu wyrok NSA z 12 sierpnia 2025 r. (II FSK 1515/22), który zdefiniował „ogólny czas pracy” jako nominalny wymiar czasu pracy.

Katalog kosztów kwalifikowanych – odesłanie do art. 12 ust. 1 ustawy o PIT

Mechanizm ulgi badawczo-rozwojowej pozwala podatnikowi odliczyć od podstawy opodatkowania koszty poniesione na działalność B+R, które jednocześnie stanowią koszty uzyskania przychodów. Do katalogu tych tzw. kosztów kwalifikowanych należą m.in. wynagrodzenia pracowników zatrudnionych w celu realizacji działalności B+R oraz związane z nimi składki na ubezpieczenia społeczne finansowane przez pracodawcę. Zasadę tę wyrażają wprost art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT oraz odpowiadający mu art. 26e ust. 2 pkt 1 ustawy o PIT. Oba przepisy odsyłają do art. 12 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, który definiuje przychody ze stosunku pracy jako „wszelkiego rodzaju wypłaty pieniężne oraz wartość pieniężną świadczeń w naturze bądź ich ekwiwalenty, bez względu na źródło finansowania tych wypłat i świadczeń”. Katalog ten ma charakter otwarty – ustawodawca posługuje się zwrotem „w szczególności”, wymieniając wynagrodzenia zasadnicze, wynagrodzenia za godziny nadliczbowe, różnego rodzaju dodatki, nagrody oraz ekwiwalenty za niewykorzystany urlop.

Szerokie ujęcie przychodu ze stosunku pracy oznacza, że poza wynagrodzeniami za czas faktycznie przepracowany do kosztów kwalifikowanych można zaliczyć również wynagrodzenie za czas niewykonywania pracy, jeżeli prawo do niego wynika z przepisów prawa pracy. Mowa tu przede wszystkim o wynagrodzeniu za czas urlopu wypoczynkowego (art. 172 K.p.), wynagrodzeniu za czas niezdolności do pracy z powodu choroby (art. 92 K.p.), ekwiwalencie pieniężnym za niewykorzystany urlop (art. 171 § 1 K.p.) czy wynagrodzeniu za czas opieki nad dzieckiem (art. 188 K.p.). Na gruncie art. 12 ust. 1 ustawy o PIT wszystkie te świadczenia stanowią należności ze stosunku pracy.

Warto przy tym dokonać istotnego rozróżnienia praktycznego. Największe bezpieczeństwo podatkowe dotyczy wynagrodzenia urlopowego oraz wynagrodzenia chorobowego finansowanego przez pracodawcę (tj. za okres do 33 lub 14 dni niezdolności do pracy w roku kalendarzowym, stosownie do art. 92 K.p.). W przypadku zasiłków chorobowych finansowanych ze środków ZUS, które przysługują po wyczerpaniu okresu wynagrodzenia chorobowego, sytuacja jest mniej jednoznaczna. Choć część orzeczeń NSA dopuszcza ich zaliczenie do kosztów kwalifikowanych – w wyroku II FSK 1921/23 spółka ujmowała zasiłki chorobowe w kosztach kwalifikowanych – to zasiłek chorobowy nie jest wynagrodzeniem finansowanym przez pracodawcę, lecz świadczeniem z ubezpieczenia społecznego. Ten element wymaga ostrożniejszego podejścia i indywidualnej analizy.

Wynagrodzenie za urlop i chorobę – utrwalona linia orzecznicza NSA

Przez lata organy podatkowe odmawiały podatnikom prawa do uwzględnienia w kosztach kwalifikowanych ulgi B+R wynagrodzeń za czas urlopu lub choroby. Argumentacja fiskusa opierała się na tezie, że art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT odnosi się do czasu pracy faktycznie przeznaczonego na realizację działalności B+R, a skoro pracownik przebywający na urlopie lub zwolnieniu lekarskim nie wykonuje prac badawczo-rozwojowych, to wynagrodzenie za te okresy nie może stanowić kosztu kwalifikowanego. Stanowisko to zostało jednoznacznie odrzucone zarówno przez sądy administracyjne, jak i przez Ministra Finansów.

Interpretacja ogólna Ministra Finansów z 13 lutego 2024 r. (nr DD8.8203.1.2021) rozstrzygnęła, że należności pracowników za czas urlopu, choroby i innej usprawiedliwionej nieobecności mogą stanowić koszty kwalifikowane ulgi B+R. Stanowisko to było konsekwencją wieloletniego orzecznictwa NSA, który w serii wyroków – od wyroku z 5 lutego 2021 r. (II FSK 1038/19) po orzeczenia z 2024 r. – konsekwentnie przyjmował wykładnię korzystną dla podatników.

Wyrok NSA z 11 kwietnia 2024 r., sygn. akt II FSK 1921/23, stanowi jeden z kluczowych głosów w tej linii orzeczniczej. Sprawa dotyczyła spółki, której pracownicy realizujący działalność B+R otrzymywali – poza wynagrodzeniem zasadniczym – premie, dodatki stażowe i funkcyjne, wynagrodzenie za godziny nadliczbowe, wynagrodzenie chorobowe, zasiłki chorobowe, ekwiwalent urlopowy oraz odprawy emerytalne. Dyrektor KIS w zaskarżonej interpretacji indywidualnej odmówił spółce prawa do zaliczenia do kosztów kwalifikowanych m.in. dodatku za urlop wypoczynkowy, wynagrodzenia chorobowego oraz zasiłków chorobowych. NSA oddalił skargę kasacyjną organu, potwierdzając prawidłowość wyroku WSA we Wrocławiu. W uzasadnieniu Sąd podkreślił, że art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT odsyła wprost do art. 12 ust. 1 ustawy o PIT, który nie ogranicza katalogu przychodów ze stosunku pracy wyłącznie do wynagrodzenia za czas faktycznie przepracowany. NSA stwierdził, że pojęcie „należności” użyte w przepisie o uldze B+R jest pojęciem szerszym od pojęcia „przychodów” i nie można tych pojęć utożsamiać. Zdaniem Sądu, skoro pracownik wykonuje w całości lub części prace związane z działalnością B+R, to wszystkie przychody podatnika związane z taką pracą, w tym należności z tytułu urlopu lub choroby oraz sfinansowane przez płatnika składki, stanowią koszt kwalifikowany.

NSA odwołał się również do przepisów Kodeksu pracy, wskazując, że zarówno czas urlopu, jak i czas zwolnienia chorobowego nie są bezpośrednim czasem wykonywania pracy, ale pozostają okresem zatrudnienia pracownika, za który przysługują mu należności wynikające ze stosunku pracy. Nakaz czasowego wyodrębnienia wydatków na działalność B+R od wydatków na inną działalność nie oznacza wykluczenia z kosztów kwalifikowanych wydatków pracowniczych ponoszonych w związku z urlopem czy zwolnieniem lekarskim, ponieważ są one nierozłącznie związane ze stosunkiem pracy.

Proporcja B+R a „ogólny czas pracy” – przełomowy wyrok NSA z 12 sierpnia 2025 r.

O ile kwestia dopuszczalności zaliczania wynagrodzeń za urlop i chorobę do kosztów kwalifikowanych została rozstrzygnięta jednoznacznie, o tyle znacznie bardziej złożony problem dotyczył sposobu obliczania proporcji, o której mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT. Przepis ten nakazuje uwzględnić koszty kwalifikowane „w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu”. Ani ustawy podatkowe, ani Kodeks pracy nie definiują jednak pojęcia „ogólny czas pracy”.

Zasadnicze znaczenie dla praktyki ma wyrok NSA z 12 sierpnia 2025 r., sygn. akt II FSK 1515/22. NSA po raz pierwszy tak wyraźnie opowiedział się za rozumieniem „ogólnego czasu pracy” jako nominalnego wymiaru czasu pracy, a nie czasu faktycznie przepracowanego. Sąd wskazał, że ustawodawca nie posłużył się w art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT zdefiniowanym w art. 128 § 1 K.p. pojęciem „czasu pracy” (rozumianym jako czas pozostawania w dyspozycji pracodawcy), lecz użył odrębnego sformułowania „ogólny czas pracy”. Nawiązuje ono do rozdziału II działu szóstego Kodeksu pracy, zatytułowanego „Normy i ogólny wymiar pracy”, co prowadzi do wniosku, że chodzi o liczbę godzin, którą pracownik powinien przepracować w skali przyjętego okresu rozliczeniowego.

Konsekwencja tego stanowiska jest daleko idąca. Przy przyjęciu, że mianownikiem proporcji jest nominalny czas pracy, od ogólnego czasu pracy nie odejmuje się dni urlopu ani zwolnienia chorobowego. To z kolei prowadzi do niższej kwoty kosztów kwalifikowanych w porównaniu z metodą opartą na czasie faktycznie przepracowanym. NSA zilustrował różnicę między obiema metodami konkretnymi przykładami liczbowymi, które jednoznacznie przemawiały za podejściem opartym na czasie nominalnym.

Ilustracja różnic – przykłady liczbowe z uzasadnienia wyroku II FSK 1515/22

Załóżmy, że pracownik zatrudniony na pełen etat poświęca połowę swojego czasu pracy na działalność B+R (4 godziny dziennie z 8-godzinnego dnia pracy). Nominalny czas pracy wynosi 160 godzin miesięcznie. Miesięczne należności pracownicze (wynagrodzenie i składki ZUS) podlegające potencjalnie kwalifikacji stanowią 10 000 zł.

Przypadek 1. Pracownik przepracował w miesiącu tylko jeden dzień (8 godzin, w tym 4 godziny na B+R), a przez resztę miesiąca przebywał na urlopie lub zwolnieniu chorobowym.

Przy metodzie opartej na czasie faktycznie przepracowanym proporcja B+R wynosi 4/8 = 1/2, co daje koszty kwalifikowane w kwocie 5 000 zł. Przy metodzie nominalnej proporcja wynosi 4/160 = 0,025, co daje koszty kwalifikowane w kwocie zaledwie 250 zł. Ta druga wartość – jak stwierdził NSA – bardziej realnie oddaje stopień faktycznego zaangażowania pracownika w prace B+R w danym miesiącu.

Przypadek 2. Pracownik korzysta z miesięcznego urlopu. W wariancie A bierze urlop przez cały sierpień (w lipcu pracuje pełen miesiąc). W wariancie B bierze urlop od połowy lipca do połowy sierpnia – ten sam wymiar urlopu, inny rozkład w kalendarzu.

Przy metodzie nominalnej oba warianty dają identyczny wynik – 5 000 zł kosztów kwalifikowanych łącznie za dwa miesiące. Przy metodzie opartej na czasie faktycznym wariant A daje 5 000 zł (1/2 za lipiec + 0 za sierpień), ale wariant B daje aż 10 000 zł (1/2 za lipiec + 1/2 za sierpień). NSA uznał, że metoda generująca 100-procentową różnicę w kosztach kwalifikowanych wyłącznie w zależności od tego, w którym momencie pracownik rozpocznie urlop, nie może zostać uznana za racjonalną.

Rozbieżność w orzecznictwie NSA – dwa konkurencyjne podejścia

Wyrok II FSK 1515/22 jest o tyle istotny, że NSA wprost zakwestionował stanowisko wyrażone we wcześniejszych orzeczeniach, w których Sąd utożsamiał „ogólny czas pracy” z czasem pracy w rozumieniu art. 128 § 1 K.p. (tj. z czasem faktycznego pozostawania w dyspozycji pracodawcy). NSA wymienił z nazwy wyroki, z których wnioskami się nie zgodził – m.in. wyrok z 5 lutego 2021 r. (II FSK 1038/19), z 11 stycznia 2022 r. (II FSK 1247/21) oraz z 29 czerwca 2022 r. (II FSK 2921/19). Jednocześnie Sąd opowiedział się za poglądem wyrażonym w wyrokach z 8 lutego 2023 r. (II FSK 1537/20) oraz z 14 lutego 2024 r. (II FSK 670/21), które wiązały pojęcie ogólnego czasu pracy z normatywnym wymiarem czasu pracy.

Należy podkreślić, że mimo rozbieżności dotyczącej sposobu ustalania proporcji, obie linie orzecznicze są zgodne co do zasadniczej kwestii: wynagrodzenia za czas urlopu, choroby i innej usprawiedliwionej nieobecności stanowią koszty kwalifikowane ulgi B+R. Różnica dotyczy wyłącznie tego, jaka wartość znajduje się w mianowniku ułamka opisującego proporcję B+R. Stan orzecznictwa na marzec 2026 r. pozwala uznać podejście oparte na czasie nominalnym za praktycznie dominujące, ale nie za absolutnie jednolite. Wcześniejsze wyroki przyjmujące czas faktyczny nie zostały formalnie uchylone, a definitywne ujednolicenie wykładni wymagałoby uchwały NSA lub zmiany ustawowej.

Przykład praktyczny – pracownik B+R w styczniu 2026 r.

Pracownik zatrudniony na podstawie umowy o pracę na pełen etat przeznacza 75% swojego czasu pracy na działalność B+R. W styczniu 2026 r. przebywał na urlopie wypoczynkowym przez 40 godzin (5 dni roboczych). Nominalny czas pracy w styczniu 2026 r. wynosił 160 godzin.

Przy zastosowaniu podejścia z wyroku II FSK 1515/22 proporcja B+R wynosi 3/4, ponieważ mianownikiem jest nominalny czas pracy (160 godzin), a nie czas faktycznie przepracowany (120 godzin). Oznacza to, że wynagrodzenia pracownika wraz ze składkami ZUS po stronie pracodawcy kwalifikuje się do kosztów kwalifikowanych ulgi B+R w proporcji wynoszącej 75%. Gdyby natomiast zastosować metodę opartą na czasie faktycznym, proporcja również wynosiłaby 3/4 (90/120), ale w miesiącach z dłuższą nieobecnością różnice między obiema metodami byłyby istotnie większe.

Umowy cywilnoprawne – analogia z ograniczeniami

Wyrok II FSK 1515/22 potwierdził również, że reguły kwalifikowania wynagrodzeń za okresy niewykonywania pracy znajdują odpowiednie zastosowanie do osób wykonujących prace B+R na podstawie umów zlecenia i umów o dzieło. Zgodnie z art. 18d ust. 2 pkt 1a ustawy o CIT, koszty kwalifikowane stanowią należności z tytułów, o których mowa w art. 13 pkt 8 lit. a ustawy o PIT, w proporcji czasu przeznaczonego na realizację działalności B+R do całości czasu przeznaczonego na wykonanie usługi. NSA wskazał, że jeśli w wynagrodzeniu zleceniobiorcy uwzględnia się należność za czas choroby lub urlopu w okresie wykonywania umowy, to również te należności uznać należy za koszty kwalifikowane.

Należy jednak zwrócić uwagę na istotną różnicę praktyczną. W przypadku stosunku pracy prawo do wynagrodzenia za urlop i chorobę wynika wprost z Kodeksu pracy, natomiast umowy cywilnoprawne nie przewidują ustawowego odpowiednika tych instytucji. Zleceniobiorca nie ma „urlopu wypoczynkowego” w rozumieniu K.p. – ewentualny okres przerwy w świadczeniu usług i zachowanie prawa do wynagrodzenia za ten czas muszą wynikać z treści samej umowy. Oznacza to, że kluczowa jest konstrukcja umowy cywilnoprawnej, a nie automatyczne stosowanie analogii z przepisów prawa pracy. W praktyce organy podatkowe mogą kwestionować zaliczenie do kosztów kwalifikowanych należności za okresy niewykonywania usług, jeżeli umowa nie przewiduje wyraźnie wynagrodzenia za takie okresy. Podatnicy powinni zatem zadbać o odpowiednie ukształtowanie umów ze zleceniobiorcami realizującymi prace B+R.

Wnioski praktyczne dla podatników

Obecny stan prawny i orzeczniczy pozwala sformułować kilka zasad, którymi powinni kierować się podatnicy korzystający z ulgi B+R w 2026 r.

• Po pierwsze, wynagrodzenia za czas urlopu oraz wynagrodzenie chorobowe finansowane przez pracodawcę (art. 92 K.p.) stanowią koszty kwalifikowane ulgi B+R. Kwestia ta nie budzi już wątpliwości – potwierdza ją interpretacja ogólna Ministra Finansów z 2024 r. oraz jednolita linia orzecznicza NSA. W odniesieniu do zasiłków chorobowych finansowanych ze środków ZUS podatnicy powinni zachować ostrożność i rozważyć uzyskanie indywidualnej interpretacji podatkowej.

• Po drugie, przy ustalaniu proporcji B+R za „ogólny czas pracy” w mianowniku – zgodnie z dominującą linią najnowszego orzecznictwa NSA – przyjmować należy nominalny wymiar czasu pracy pracownika w danym okresie rozliczeniowym. Oznacza to, że od ogólnego czasu pracy nie odejmuje się czasu urlopu ani zwolnienia chorobowego. Przyjęcie tej metody prowadzi do niższej kwoty kosztów kwalifikowanych niż metoda oparta na czasie faktycznym, ale jednocześnie eliminuje nieracjonalne różnice wynikające z przypadkowego rozkładu nieobecności pracownika w kalendarzu. Należy jednak zastrzec, że w braku uchwały NSA i zmiany przepisów nie można wykluczyć odmiennych rozstrzygnięć w przyszłości.

• Po trzecie, podatnicy powinni prowadzić rzetelną ewidencję czasu pracy pracowników B+R, z wyodrębnieniem czasu poświęconego na działalność badawczo-rozwojową i inną działalność. Ewidencja ta stanowi podstawę ustalenia zarówno licznika (czas B+R), jak i weryfikacji prawidłowości obliczonej proporcji.

• Po czwarte, wobec istniejącej rozbieżności w orzecznictwie NSA co do sposobu definiowania „ogólnego czasu pracy”, podatnicy przyjmujący metodę opartą na czasie faktycznie przepracowanym powinni liczyć się z ryzykiem zakwestionowania tej metody przez organy podatkowe. Wyrok II FSK 1515/22 z sierpnia 2025 r., choć nie ma mocy powszechnie wiążącej, istotnie wzmacnia pozycję organów w sporach o wysokość kosztów kwalifikowanych.

• Po piąte, w przypadku osób realizujących prace B+R na podstawie umów zlecenia lub o dzieło, kluczowe znaczenie ma treść umowy. Aby należności za okresy niewykonywania usług mogły zostać uznane za koszty kwalifikowane, umowa powinna wyraźnie przewidywać wynagrodzenie za takie okresy. Automatyczne stosowanie analogii z Kodeksu pracy do umów cywilnoprawnych bywa kwestionowane.

W naszej praktyce podatkowej regularnie wspieramy przedsiębiorców korzystających z ulgi B+R — od ustalenia kosztów kwalifikowanych, przez przygotowanie ewidencji czasu pracy, po reprezentację w sporach z organami podatkowymi. W ostatnich latach pomagaliśmy m.in. firmom z branży IT i produkcyjnej w uzyskaniu indywidualnych interpretacji podatkowych potwierdzających prawo do ulgi. Jeśli mają Państwo pytania dotyczące rozliczenia ulgi badawczo-rozwojowej – zapraszamy do kontaktu: office@atl-law.pl

Podstawa prawna i orzecznictwo

Art. 18d ust. 1–2 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2024 r. poz. 1473 ze zm.); art. 26e ust. 1–2 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2024 r. poz. 226 ze zm.); art. 12 ust. 1 ustawy o PIT; art. 80, art. 92, art. 128 § 1, art. 129 § 1, art. 171 § 1, art. 172, art. 188 ustawy z dnia 26 czerwca 1974 r. – Kodeks pracy (Dz. U. z 2025 r. poz. 277 ze zm.). Interpretacja ogólna Ministra Finansów z 13 lutego 2024 r., nr DD8.8203.1.2021. Wyroki NSA: z 12 sierpnia 2025 r., II FSK 1515/22; z 11 kwietnia 2024 r., II FSK 1921/23; z 28 czerwca 2024 r., II FSK 218/24; z 4 kwietnia 2024 r., II FSK 1789/23; z 8 lutego 2023 r., II FSK 1537/20; z 14 lutego 2024 r., II FSK 670/21; z 5 lutego 2021 r., II FSK 1038/19.